Kyle XY est l'histoire d'un jeune homme (Matt Dallas) d'apparence, mais qui semble avoir la vision naïve d'un nouveau né. Cependant, il est bien plus intelligent que la moyenne et comprend très vite le monde qui l'entoure. Il va être reccueilli par la famille Trager, qui va essayer d'en apprendre plus sur ce jeune homme sans nombril.