Michael Scofield lutte contre la montre : son frère Lincoln est dans le couloir de la mort, en attente de son exécution. Persuadé de son innocence mais à court de solutions, Michael décide de se faire incarcérer à son tour. Coupable d'un hold-up, il retrouve son frère au pénitencier d'état de Fox River. Très vite, Lincoln s'aperçoit que Michael n'est pas simplement venu le soutenir, mais aussi et surtout pour le faire évader.